台湾作为世界第四大港，深圳港对于台湾的海运企业有着巨大的吸引力。两岸海运直航以后，台湾航运公司的货船不必绕行第三地，可以直接来往两岸进行货运物流，大大降低了深圳与台湾之间的海运成本。这对于受到金融海啸波及的台湾港航业来讲，无疑是个难得的发展契机。
万海航运公司就表示，两岸海运直航协议实施后，将增加开往深圳港的航线和货运量，这样就可以弥补今年在欧美物流方面的损失。长荣、阳明等台湾海运企业也表达了同样迫切的意愿，将抓住直航的有利时机，尽早确定航线，争取使深圳成为开通两岸海运直航航线的第一个大陆城市。
台湾全球运筹发展协会理事长苏隆德表示，华南地区众多的台商在直航后必将充分利用深圳的国际港口，汇集更多的物流量。不管是从成本的角度，还是从物流运送的速度来看，深圳港能够取得比以往更有利的优势。
两地物流合作全面展开除了空运和海运业的合作以外，深圳与台湾之间在第三方物流和物流园区等方面的合作也借着直航的“春风”逐步推向深入。台湾东昱物流公司就表示，结合深圳和台湾的合作，是未来扩展第三方物流业务的主要方向。同时，台湾全球运筹发展协会还准备在近期将物流职业培训业务拓展到深圳，把深圳作为一个桥头堡向内地逐步推进。